Ngày 18 tháng 7 năm 1203, Thập tự quân đã quyết định tấn công thành phố, Alexios III vô cùng hoảng sợ đã vội vã trốn sang xứ Thracia. Sáng hôm sau Thập tự quân rất ngạc nhiên khi thấy rằng cư dân thủ đô đã thả Isaakios II ra khỏi chốn lao tù và tôn ông làm hoàng đế, bất chấp thực tế là ông đã bị làm cho mù mắt khó mà cầm quyền nổi. Thập tự quân không thể chấp nhận điều này và buộc Isaakios II phải tấn phong Alexios IV làm đồng hoàng đế vào ngày 1 tháng 8.

Bất chấp những lời hứa hẹn lớn lao của Alexios, Isaakios, người có kinh nghiệm và thực tế hơn trong số hai cha con, biết rằng quốc khố triều đình không bao giờ có thể trả nổi món nợ của Thập tự quân. Alexios dường như không nắm rõ được nguồn tài chính của đế chế đã sụt giảm bao nhiêu trong năm mươi năm qua. Alexios tìm đủ mọi cách để nâng cao một nửa số tiền như đã hứa (100.000 đồng bạc), bằng cách vơ vét tiền bạc từ các nhà thờ và tịch thu tài sản những phe phái chống đối mình. Rồi sau đó cố gắng tiêu diệt nốt tàn quân của Alexios III, vẫn còn đang nắm quyền kiểm soát xứ Thracia. Vụ cướp bóc một vài thị trấn Thracia đã giúp cho tình hình của Alexios được cải thiện đôi chút, nhưng trong khi đó, sự thù hận giữa lực lượng Thập tự quân bướng bỉnh và cư dân thủ đô Constantinopolis ngày càng gia tăng.

Vào tháng 12 năm 1203, bạo lực đã bùng phát giữa dân chúng Constantinopolis và Thập tự quân. Đám đông trong cơn giận dữ đã xông ra bắt giữ và chém giết không nương tay bất cứ người nước ngoài nào mà họ bắt gặp ngoài đường, Thập tự quân cảm thấy rằng Alexios đã không giữ đúng lời hứa của mình. Alexios cứ một mực từ chối yêu cầu của họ, với câu nói, "Tôi sẽ không làm gì nhiều hơn tôi đã làm." Trong khi mối quan hệ với Thập tự quân đang ngày càng xấu đi, hai cha con Alexios bị dân gốc Hy Lạp oán hận vô cùng. Mù lòa và gần như không có quyền lực nào trong tay, Isaakios II lại không muốn chia sẻ ngôi vị với con trai mình; ông bèn tung tin đồn về hành vi tình dục kỳ quặc của Alexios, buộc tội con mình kết thân với "những kẻ trụy lạc". Nhà biên niên sử Niketas Choniates đã bác bỏ Alexios là "trẻ con" và chỉ trích mối quan hệ thân mật với Thập tự quân và lối sống xa hoa của ông. Vào đầu tháng 1 năm 1204, Alexios IV đã quyết định đánh trả lại Thập tự quân bằng cách điều động 17 chiếc thuyền chất đầy các chất dễ cháy và nhắm thẳng vào đội tàu Venezia, nhưng nỗ lực này đã chuốc lấy thảm bại.[2]